انقلاب ۱۸۲۱ یونان که به استقلال یونان از امپراتوری عثمانی در سال ۱۸۳۰ میلادی، منجر شد نخستین جنبش ملی موفق در بالکان بود. انقلاب یونان الگویی را بنیان نهاد که قیام‌های ملی مشابه، مبتنی‌بر این باور که ملت‌های مسیحی بیدار شده و از یوق عثمانی رها گردیده‌اند، از آن پیروی کنند. در این میان، مسلمانان، مدت‌ها قبل از آن‌که جامعه ملل درطول دوران میان دو جنگ جهانی، نظام حفاظت از حقوق اقلیت‌ها را بنیان گذارد، بدل به اقلیتی شدند که درمعرض برخورد قانونی تبعیض‌آمیز قرار گرفتند.

در سال ۱۸۳۰، وقتی حکومت یونان برای اولین بار استقرار یافت، مسلمانان یک گروه بسیار کوچک (جامعه هاکیدا)[۱][۲] را درون مرزهای بعدی یونان تقریباً بدون هیچ حمایت سازمانی خاصی تأسیس کردند. درحدود سال ۱۸۸۱، مسلمانان که شمار آنان در آن زمان به حدود ۴۰۰۰۰ نفر می‌رسید، توسط پیمان قسطنطنیه که در همان سال میان پادشاهی یونان و امپراتوری عثمانی منعقد گردید، با الحاق تسالی[۳] و آرتا،[۴] به‌عنوان یک اقلیت، تحت حمایت قرار گرفتند. مفتیان محلی در مسائل مربوط‌به امور خصوصی اختیار شبه‌قضایی به دست آوردند و شورای انجمن محلی مسلمانان اداره مدارس مسلمانان و نهادهای مذهبی (موقوفات) را به دست گرفتند. در پایان جنگ‌های بالکان (۱۹۱۲-۱۹۱۳) و با الحاق قلمروهای جدید[۵] به یونان، همین وضعیت حقوقی به بیش از ۵۰۰۰۰۰ مسلمان که شهروند یونان شدند تعمیم یافت. با معاهده آتن که یونان و امپراتوری عثمانی در سال ۱۹۱۳ آن را امضا کردند، جوامع مسلمان یک بار دیگر به لحاظ حقوقی خودگردانی سازمانی خود را حفظ کردند. مدارس و موقوفات، تحت مدیریت آنان باقی ماند و مفتی‌ها در امور خصوصی مربوط‌به خانواده و قانون ارث اختیار قانونی به دست آوردند. شایان ذکر است که کرِت خیلی پیشتر از اتحادش با پادشاهی یونان در سال ۱۹۱۳ و در دوران شبه استقلالش (دولت کرت)[۶] یک چارچوب حقوقی پیچیده را برای مسلمانان آن جزیره ارائه کرد که عمدتاً توسط الفتریوس ونیزلوس[۷]،  شخصیت برجسته سیاسی سال‌های بعد یونان پی­ریزی شد.[۸]

پس از جنگ یونان و ترکیه در سال‌های ۱۹۱۹-۱۹۲۲، طبق کنوانسیون لوزان در ژانویه ۱۹۲۳، یک تبادل جمعیت اجباری انجام گرفت و ۴۵۰۰۰۰ مسلمان، یونان را به مقصد ترکیه ترک کردند. براساس این کنوانسیون، ۹۲۰۰۰ مسلمان ساکن در تراکیه غربی (ترک‌زبان و بلغاری‌زبان یا پوماک‌ها) درقبال مستثنا شدن جمعیت ارتدکس استامبول، ایمْوْروس[۹] و تندوس[۱۰] از این تبادل جمعیت مستثنا شدند. ۲۵۰۰۰ مسلمان آلبانیایی‌زبان دیگر در اِپیروس و مقدونیه نیز مطابق تصمیم اتخاذشده توسط دولت یونان در سال ۱۹۲۵ از این مهاجرت اجباری معاف شدند. مسلمانان اپیروس (چمس)[۱۱] به‌دنبال هواداری از نیروهای اشغال‌گر ایتالیایی-آلمانی پس از سال ۱۹۴۰،[۱۲] مجبور شدند در سال‌های ۱۹۴۴-۱۹۴۵[۱۳] به آلبانی نقل مکان کنند.

در سال ۱۹۴۷ میلادی، وقتی جزایر دودکانس[۱۴] به یونان ضمیمه شد، جمعیتی حدود ۱۲۰۰۰ نفر از مسلمانان (یونانی‌زبان و ترک‌زبان) که در جزایر رودس و کوس زندگی می‌کردند شهروند یونان شدند. این آخرین گسترش سرزمینی یونان بود که به دست آوردن یک جمعیت مسلمان را در پی داشت.

چنان‌که ذکر شد، تأکید بر این نکته مهم است که هیچ ارتباط مستقیم سازمانی میان نهادهای اجرایی و مقامات محلی تراکیه و چارچوب حقوقی اقلیت مذکور وجود ندارد. مطابق پیمان ۱۹۲۳ لوزان، قوانین برای اقلیت شهروندان یونانی مسلمانی که ساکن تراکیه هستند به‌وسیله دین تعیین می‌گردد. بنابراین، حمایت از اقلیت مذکور عبارت از خودگردانی شخصی با لحاظ عناصر قدرتمند قلمروگرایی است. محدودیت سرزمینی (یعنی این قوانین صرفا محدود به منطقه تراکیه است)، چنان‌که اسناد حقوقی پیرامون حمایت از اقلیت تعیین می‌کنند، یک شرط لازم برای  پیاده‌سازی وضعیت اقلیت مسلمان است.

مذهب برای اقلیت‌ها در یکپارچگی هویت ملی مربوط‌به‌خود (ترکی برای مسلمانان در یونان، یونانی برای ارتدکس‌های یونانی در ترکیه و غیره) یک نقش کلیدی را ایفا می‌کرد. بنابراین، مطابق معاهده لوزان، قوانین دینی هسته سخت حمایت از اقلیت پنداشته می‌شد. درعین‌حال، به رسمیت شناختن مؤکد خصوصیت مذهبی این اقلیت‌ها امکان اظهار آزادانه وابستگی‌های قومی را برای اعضایشان تحت الشعاع قرار داد. در زمان‌های تنش، اقلیت‌ها به‌چشم یک دشمن درونی نگریسته می­شوند.